国内的学术教育，对如何写作学术论文训练得不够，留学西方的人，也往往发现研究生课程中没有关于学术写作的内容，不过，西方学术机构往往有专门的写作技术顾问，可以帮着查漏补缺。在读研究生期间，也有很多的写作项目，但能在学术写作上有多大进步，就得要靠悟性了。西方学术写作训练的完成阶段大致是中学与大学本科教育这段时间。
有著名科学作者写过一篇名文，《天下文章一大抄》，其人写科学文章也大致按这个套路来完成，许多人趋之如鹜，把拍巴掌当成了锻炼身体。如果你写科学论文都走这样的路子，就完全不得要领，写稿没人收，不如不写，这是学术界的淘汰机制。
不同形式的论文有不同的写法，这里我讨论最常见的论文形式——研究发现的报道。
中国科举制度备受嘲笑的是明朝兴起的八股文，所谓八股，开篇破题，让人知道你的文章的主要内容是什么，随之承题，限定主题范围，然后起讲，把主题要义抒发一遍。前三股是开胃菜，把读者的兴趣提起来之后，就是正式行文，先起股，也就是立论，立论之后是求证，称为中股;中股后面是后股，借题发挥，在论证之后进一步阐发原论之意义影响，最后束股，回应最初的主题，也就是前三股的内容。八股最后一股是大结，要求超越式的总结，造成余音绕梁的效果。
据说八股文的发明源于朱无璋这位开国皇帝。中国文人爱掉文袋，咬文嚼字不仅不厌其烦，还把“语文状元”之类末流小道当成进身之阶，成了炫耀资本。朱元璋的天下是一刀一枪干出来的，不是捡他老子的现成，也就造成了朱元璋的实用主义倾向，在八股文之前，朱皇帝读臣子奏章，读完了还不知所云，因此，八股文应运而生。八股文仍然允许文人掉文袋，在各股，尤其是正文四股中在意句式排偶，提倡诗歌化的写作，但从整体上看，八股一铺开，就要言之有题，题之有据，据完就结，免得浪费读者时间。对于习惯于无病呻吟的中国文人来说，他们从来都不喜欢八股文，清灭明，科举八股却是继承得上好，而且在乾隆时代就想废除八股文，但却找不出更好的科举方式，还得继续捏着鼻子写八股。
八股文是现实主义对中国文化精英的嘲笑，是勒在他们脖子上绞绳，八股文的失败，就在于科学实用主义最终没有在中国诞生，中国传统文化以最尴尬的形式继续无病呻吟。抛弃八股文是中国文化教育的失败，时至今日，中国的语文教育仍然不得要义，所以“语文状元”仍然是中看不中用的花架子，写起文章来花红草绿，但言之无物，一旦要求应用写作，就辞不达意，毫无逻辑，还经常憋得满脸通红。
学术论文就是八股式的应用文体，对于缺乏应用写作训练的中国研究生来说，也是经常憋得胀气便秘，脸色乌青。许多人禀承“天下文章一大抄”的传统，下笔千言，仍然不得要领，自我感觉良好，但一被审稿，就满腹怨气，不怨自己写得不好，而是编辑审稿人太苛刻。
学术论文，尤其是针对研究发现的论文报道——一般称为原创性论文(Original Article)，在科学发展过程中，也面临朱元墇式的问题。学者写作太随意，科学论文的可读性就差，有许多文章言之无据，不少也又臭又长，伴随着科学研究大昌，学术交流成为经常性的活动后，就产生了科学八股文，也就是现代论文报道的固定格式。
八股文的本义是借助八股体规范应用写作，提供模板，让应用论文写作变得更容易，同时防止人类天性的多嘴饶舌的坏毛病。同样地，学术论文格式也为科学写作提供模板，让学术报道更容易，还防止学者的不严谨以及冗词赘语。固定格式的应用文体系给读者带来了极大的便利，可以迅速判定文章的阅读价值，在文章中找到需要的信息，能清楚直白地看到研究结果及其意义。说穿了，就像朱元墇一样，不愿浪费时间在无病呻吟或者拙劣抄文上。
我所见到的最差劲的学术写作是作者不知道自己在谈什么。我做研究设计与统计分析，许多时候需要给主要研究者讲解研究结果，因为现代科学的分工原则，主要研究者虽然大多有过充分的统计学课程，但真正无师自通的，非常鲜见。如果给予研究者稍加指导，就能把握要义的，往往不存在大的写作困难;如果给予指导后仍然想当然的，修稿就是一件麻烦事，因为作者不知道自己在谈什么，在八股文式的规范中，就四面碰壁，鼻青脸肿。最吃亏的买卖就是帮第一作者写整篇论文。
怎么才能写好论文，在发稿之后能淡定自若?这是悬挂很多学子心头的一个大问题。那些把八股文当作负担的人，注定吃力不讨好，大段大段地写，又被大段大段地删，还得一个不懂写作的评语。而拥抱八股文的便利的，就会发现写八股文要比写散文容易多了，如果熟知文献，写论文像填空一般容易，用不着绞尽脑汁，才偶得妙语佳句，可引人注目，科学八股文更像铸好了刚架结构的建筑，你一旦补充了适当的内涵，就变成宜人居所，巍然而立，绝不随风而去。
学术论文的题目往往直白，这是科学实用性决定的，只有极少数人在极少的情况下会有妙语佳句立题。立题新颖，引人注目需要极深的文化修养，往往求而不得，只可妙手偶得之，一般学子不必妄求。新颖而引人注目的题目往往自动决定了开篇三股的写法，能做这类题目的，当然用不着被人指导如何写背景介绍。
所谓背景介绍(Introduction)，就是立题之后就需要破题承题，也就是向读者解释你的研究题目(Research Question)。面临研究项目，我跟研究接触的第一个问题就是“你要研究的问题是什么?”(What’s your research question?)几乎有三分之二的时间我得不到一个直白的答案，不少人会觉得有些狼狈，唠唠叨叨的说一大堆。然后我就接着问，你的科学假说是什么?(What’s your hypothesis?)那些能准确回答的人估计没有写作上的挑战，而需要我帮助才能整理思路，找到自己的假说的人，就会有挑战。
研究者，尤其是研究生，特容易陷入解决世界难题的误区。科学问题多是层出不穷的，任何一个研究问题都不是孤立存在的，比如你做一个关于肥胖的流行病学调查，就可能涉及肥胖引起各种疾病的风险，于是乎这个研究生提到糖尿病、高血压、必脏病、中风、等等，还想知道肥胖跟每一个的量效关系，还想知道……有许许多多的问题可能从你的研究中找到答案，即使找不到答案，也可以获得进一步获取答案的线索，然而，科学论文并不是要解决世界难题，你能解决一个问题，都算做得了一篇好论文，科学的规则就是这样，即使是两个问题是一个硬币的两面，在科学上也要一个一个地解决。
从论文写作而言，你的论文要围绕着一个问题，只围绕着一个问题(One question and one question only)展开，你可以有一个结构性的假说或者超级假说，比如A是B的原因，可以分解成多个假说，一是多A多B，二是无A无B，三是A前B后等等，但你的论文的着眼点应当始终围绕着一个假说一个问题展开。